W nowej serii motocykli, o roboczym oznaczeniu R259, niewątpliwie silnik jest elementem najbardziej przyciągającym wzrok. Bokser nowej generacji  jest nowoczesną jednostką napędową, a koncepcja jego budowy powstała już w 1984 roku. Ta konstrukcja bardzo odbiega od dotychczas znanych silników OHV. Na odlewaną ze stopu aluminium obudowę składają się dwie części, dzielone w pionowej płaszczyźnie (dotychczas obudowa silnika była tunelowa). Wał korbowy łożyskowany jest na dwóch panewkach. Mając na względzie szerokość silnika, zastosowano ponadkwadratowe proporcje średnicy cylindra 99 mm przy 70,5 mm skoku tłoka. Gładzie cylindrów pokryto bardzo trwałą warstwą powłoki krzemowo-niklowej. Stopy korbowodów dzielone są metodą łamania, dzięki czemu uzyskano bardzo wysoką dokładność montażu. Dzięki lekkim tłokom i korbowodom poziom wibracji jest niski. W każdej głowicy pracują cztery zawory. W celu redukcji szerokości silnika, zrezygnowano z rozrządu DOHC i zastosowano niekonwencjonalny, pośredni wariant sterowania zaworów : High Camshaft - HC. Pod wałem korbowym znajduje się wałek pośredni, który za pomocą łańcuchów napędza krótki wałek rozrządu znajdujący się w dolnej części każdej głowicy. Wszystkie łańcuchy poprowadzono w specjalnych, bardzo długich płozach napinająco-wyciszających, co zapewnia cichobieżność ich pracy. Krótkie popychacze szklankowe, współpracujące z wałkiem rozrządu, naciskają na rozwidlone dźwigienki zaworowe. Luzy zaworowe regulowane są tradycyjnie, śrubami. W celu zwiększenia trwałości krzywek wałków rozrządu, wykonano je ze spieków metali. Silnik chłodzony jest dwojako : klasycznie powietrzem, oraz olejem, Do tego celu niezbędny jest odpowiednio wydajny i pojemny, zawierający 4,5 litra oleju, układ smarowania, dlatego w silniku R1100 zastosowano dwie pompy oleju : jedna tłoczy olej w układzie smarowania, druga zaś przetłacza olej chłodzący silnik, a obie napędzane są wałkiem pośrednim rozrządu. Chłodnicę oleju umieszczono w dolnej części owiewki, z charakterystycznym dla samochodów BMW wlotem powietrza. 

          Całkowicie nowa jest skrzynia biegów. Po raz pierwszy w bokserach BMW zastosowano przełożenie wstępne - moment obrotowy ze sprzęgła przekazywany jest na wałek pośredni, z tłumikiem drgań i kołem zębatym przekładni wstępnej. Dzięki takiemu rozwiązaniu koła skrzyni obracały się wolniej z korzyścią dla trwałości, oraz zmniejszono reakcje na zmiany obciążeń silnika.

          Nową jednostką napędową steruje elektroniczny układ wtryskowy Bosch Motronic. W układzie wydechowym, wykonanym ze stali nierdzewnej, nie zabrakło katalizatora. Odpowiednią ilość energii elektrycznej, gwarantującej niezawodną pracę rozbudowanych urządzeń elektronicznych, zapewnia alternator o mocy 700 W, umocowany w przedniej części nad korpusem silnika. W modelach wyposażonych dodatkowo w drugiej generacji układ ABS, montowany jest jeszcze mocniejszy alternator, dostarczający dodatkowe 100 W.

          Silnik, a w zasadzie zespół napędowy, poza dostarczaniem siły napędowej spełnia drugą, bardzo ważną funkcję - jest głównym elementem nośnym motocykla. W nim łożyskowane są wahacze - przedni Telelever i tylny Paralever. O ile Paralever, pojedynczy wahacz z drążkiem reakcyjnym, był już znany z wcześniejszych konstrukcji BMW, o tyle Telelever był całkowicie nowym rozwiązaniem, zaskakującym swoją niecodziennością. System ten jest niejako połączeniem zawieszenia zwrotnicowego z widelcem teleskopowym. Rury widelca mają za zadanie jedynie prowadzić przednie koło, zaś tłumienie nierówności przejął centralnie umieszczony element resorująco-tłumiący, umieszczony jednym końcem w wahaczu, a drugim w ramie pomocniczej, która mocuje jednocześnie górną półkę widelca. Wahacz, przypominający literę A, z jednej strony łożyskowany jest w bloku silnika, z drugiej za pomocą przegubu kulistego mocuje obrotowo przedni widelec. Zalety Telelevera docenia się podczas jazdy - nurkowanie przodu podczas hamowania jest zjawiskiem obcym, zaś uderzenia powstałe wskutek pracy ABS-u nie są przenoszone na kierownicę i ramiona kierowcy. Nowa konstrukcja przedniego zawieszenia jest bardzo sztywna, wyraźnie zredukowano podstawowe wady widelca teleskopowego : pracę na zginanie oraz wewnętrzne tarcie podczas pracy.

        Ergonomia w R 1100 RS jest wzorowa. Kierowca może dostosować do swoich preferencji i warunków drogowych sztywność zarówno tylnego jak i przedniego zawieszenia. Ponadto, w dużym zakresie można regulować ramiona kierownicy, kąt pochylenia przedniej szyby, ... a także, trójstopniowo, wysokość siedzenia kierowcy. Za kanapą, tradycyjnie w motocyklach spod biało-niebieskiego śmigła, znajduje się schowek. Poza kompletem narzędzi i fabrycznym zestawem do awaryjnej naprawy opon bezdętkowych zostaje sporo wolnego miejsca. Jak niezastąpione to miejsce wiedzą wszyscy, którzy choć trochę podróżują...